亞太區域研究專題中心（Center for Asia-Pacific Area Studies，簡稱CAPAS）成立於2003年1月1日，是為進一步整合與推展人文社會科學領域之區域研究而成立的專題中心，主要的研究領域為東南亞與東北亞。本中心重視培育國內新進人才，並加強本院與各國亞太區域研究學術機構合作，推動互惠交流。目前中心進行三項主題研究：海洋史研究、跨界與流動研究、發展與人口研究。