本專題中心專注於區域研究，自1994年院方推動東南亞區域研究計畫起，接著1998年推動東北亞研究計畫，2002年合併為亞太研究計畫。2003年院方成立蔡元培人文社會科學研究中心，亞太區域研究為其中一個專題中心。2004年院方將蔡元培中心與中山社會科學研究所合併，成立人文社會科學研究中心。

　　亞太成為專題中心後，擬定幾項工作目標：一、開始徵聘專任研究人員、合聘院內有志從事本區域研究之同仁及每年向院內研究同仁徵求研究計畫，作跨學科整合，冀能對本區域之歷史、社會、政治、經濟、族群及宗教各領域進行基礎研究。二、與國際區域研究機構簽訂學術合作協議，共同舉辦研討會，促進學術交流。三、提供博碩士獎助金及研究空間，培育優秀區域研究後進人才。此外，中心努力帶動台灣的東南亞研究及舉辦年會、成立學會；同時並組成日本研究、南海研究及太平洋島嶼研究小組，召開研討會，出版專書、期刊論文。

　　2013年改組擴大合併海洋史研究專題中心、東亞經貿發展計畫、衛生與東亞社會計畫。海洋史研究開始相當早，出版許多論文集；東亞經貿研究也有重要著作出版，在台灣該領域研究都扮演重要推動的角色。2018年又一次改組為三個研究計畫：跨界與流動研究計畫、海洋史研究計畫、東亞經貿發展研究計畫（2020年改名為發展與人口研究計畫）。

　　目前有五位專任研究人員：張雯勤研究員兼執行長（人類學）、劉序楓研究員（歷史學）、林季平副研究員（人口學）、林育生副研究員（人類學）、王冠棋副研究員（地理學）；目前有五個主要研究重點：

　　一、亞洲冷戰研究：本計畫聚焦在冷戰脈絡下人、資訊／思想／情報、商品、科技等等跨學科的跨界流動，這項研究計畫將對傳統聚焦於全球政治生態的對峙，意識型態的分野，國家的外交政策與區域安全等研究框架進行深度反省；爬梳過往被忽略的冷戰生活史。

　　二、亞洲地中海華人宗教研究：計畫結合國內外從事東南亞港埠為主的華人宗教研究學者，反省過去東南亞華人研究的離散華人中心視野，轉而從高度流動與複雜性的港埠出發，探討東南亞港埠華人與多樣的國家族群文化交流衝突互動下，所呈現出的多元宗教實踐。

　　三、亞洲食物政權研究：本計畫重新探索亞洲戰後政治經濟結構轉變下的亞洲農業創新、 糧食安全，以及農民運動，並藉此重新定義食物政權研究取徑。以稻米以及高價值蔬果為主要研究對象，而地理區域將含括東亞的台灣與中國以及位於東南亞的泰國與菲律賓。

　　四、海洋史研究：著重在探討16至20世紀初，亞洲海域各通商口岸間的人員、物品、情報訊息的流通與相互影響，以及與此關連之東亞諸國的政、經、文化交流活動。華人在亞洲海域的商業勢力發展，特別著重對東南亞之商業、移民及與荷蘭、英國東印度公司間之競合關係等方向研究，以強化亞太專題中心東南亞研究的深度與廣度。

　　五、當代台灣原住民系統研究：研究在都市聚居地及傳統部落的人口分布及遷徙的系統所屬之來源，和原住民部落對應的所屬系統如何影響及塑造當代原住民族的傳統部落人口分布和部落以外聚居地的形成，期使在其社會文化架構下，使我們對當代原住民發展及未來可能發展方向的脈絡更加清楚；同時也將持續建置原住民資料庫。

　　未來本專題中心展望在既有的研究計畫下深化亞太區域研究，尤其專注於東南亞區域的跨界與流動，在新南向的脈絡下深耕東南亞與台灣的跨國連結。