早在1989年，中央研究院便有同仁意識到地理資訊科學在學術研究方面的重要性，一直到1996年11月，歷史語言研究所正式成立院內第一個地理資訊工作室，隔年與計算中心合作，積極建構一個全院性的「地理資訊聯合實驗室」，本專題中心及其前身──地理資訊科學研究計畫，即由該實驗室衍生而成，接著在2004年7月併入人文社會科學研究中心，2006年3月改制為地理資訊科學研究專題中心（以下簡稱GIS專題中心），期間蒙李遠哲前院長大力協助，撥款購置軟、硬體及取得基本圖資等，逐步形成今日的規模。

　　GIS專題中心整體發展宗旨在「探索如何以空間資訊科學之概念、方法、技術與資源，促進人文學與社會科學的跨領域整合研究；以研究帶動或衍生對學術與社會服務的效益，二者相輔相成、互為表裡」；自設立以來，在前執行長范毅軍研究員遠見擘劃下，便不斷與各典藏機關合作收集大量歷史地理圖資（地圖、航照、GIS資料），數位化後建置大型時空資料庫──「地圖數位典藏查詢系統」、「臺灣航照數位典藏整合查詢系統」、「臺灣百年歷史地圖」，以及實踐時空框架整合平台，如「中華文明之時空基礎架構」（CCTS）、「臺灣歷史文化地圖」（THCTS），目前皆已成為國內外學者所熟知的研究資源，不僅能服務學術社群，同時也可供社會大眾應用於鄉土教育、環境教育、文化創意、社區發展等領域；同時，順應「空間轉向」（Spatial Turn）及「大數據」的研究趨勢，多方嘗試跨領域整合研究，開創許多創新的研究專題與工具，例如：歷史GIS、文化資源GIS、宗教GIS、文學GIS、社區GIS等。

　　近年來，隨著具備資訊科學相關背景的新進及合聘研究人員陸續加入，並由蔡宗翰研究員、詹大千研究員陸續接任執行長，研究資料範疇上也擴展到IoT感測、動態監測、社群媒體、非結構化文本等資料類型，針對這些新興的時空大數據，持續探討地理資訊科學基礎理論與方法，也致力於結合人文學及社會科學，從事整合性的探索與實踐，例如整合時空分析與文本探勘，建立巨量文本分析與標註工具，形成一個空間人文研究平台；目前GIS專題中心在時空統計模型、數位人文、公衛健康GIS、多源地理空間資訊語意整合等研究領域，獲得顯著的成果與聲望。