「人文社會科學研究中心」是中央研究院在人文社會科學領域唯一的研究中心，其設立之目的是希望從事單一學門的研究所無法進行的跨領域研究。現任研究中心主任為張卿卿特聘研究員，副主任為杜素豪研究員及詹大千研究員。

本研究中心目前包含五個專題中心，分別為「政治思想研究專題中心」、「制度與行為研究專題中心」、「亞太區域研究專題中心」、「調查研究專題中心」，以及「地理資訊科學研究專題中心」。每一個專題中心設一位執行長，統籌研究相關事宜。

本研究中心之特色，乃是跨領域研究。例如「制度與行為研究專題中心」以經濟學方法為基礎，結合法律、資訊及地理等專業，共同探討網路經濟、實證法學及空間競爭等跨領域議題；「亞太區域研究專題中心」的研究計畫涵蓋了跨界與流動、海洋史、發展與人口等領域；「政治思想研究專題中心」則結合政治、歷史、法學、哲學等相關領域，從事比較政治思想之研究。

除了學術研究，本中心也提供廣泛的學術服務。「調查研究專題中心」為全國最專業之調查研究機構，同時接受學術單位的委託，進行各種調查，並建置學術調查資料庫予學界使用。「地理資訊科學研究專題中心」的發展宗旨為透過地理空間視野，運用空間資訊科學與技術，促進人文學與社會科學的跨領域整合研究，並將執行大型研究計畫過程所蒐集到的各類時空大數據，建立成GIS資料庫或服務平台，對外提供學術與社會服務。